【技术服务】转录组测序服务

转录组测序服务

       转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。

目前我们提供的转录组服务有：

样品要求：

1. 样品纯度要求： total RNA OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5;

2. 样品浓度： total RNA浓度不低于400ng/ul；样品总量不低于5ug;目前最新的样品建库要求降低到200ng,浓度大于50ng/ul即可。

一、PacBio全长转录组测序

     随着基因组研究的不断发展，以PacBio测序为代表的第三代基因测序技术逐渐应用到多个科研领域。该平台利于单分子实时测序技术，又称作SMRT（Single Molecule Real-Time）测序，基于纳米小孔的单分子读取技术，无需扩增即可快速完成序列读取。

     PacBio SMRT技术应用了边合成边测序的原理，主要以四色荧光标记的dNTP在ZMW孔完成了对单个DNA分子的测序。在测序过程中，以SMRT芯片为测序载体，DNA聚合酶和模板结合，4色荧光标记 4 种碱基，在碱基配对阶段，不同碱基的加入，会发出不同光，根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。平均读长8-12Kb，最长可达40-70Kb，通量5-10Gb/cell。

技术优势：

1. 建库过程中，DNA不需要PCR扩增。

2. 不需要组装就可以获得全长转录本序列。

3. 改善基因表达量结果。

4. 发现新基因和新转录本。

5. 鉴定可变剪接和基因融合。

二、真核生物转录组测序

    转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括 mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

提供的数据分析：

1. 测序序列质量评估

2. 数据预处理

3. 基因组比对

4. 饱和度分析

5. 基因表达定量分析

6. 表达相关性分析

7. 基因差异表达分析

8. GO分析

9. KEGG分析

三、Small RNA测序分析

    small RNA是指长度在18~30nt的内源性RNA，包括miRNA，siRNA和piRNA等。它们在mRNA的转录及转录后水平的调控中发挥重要作用，参与细胞生长、分化、代谢等各个生物学过程，对生物体的正常发育和疾病过程起着关键作用。Small RNA测序是指基于高通量测序平台对目标样本的small RNA进行大规模检测，同时发现新的小RNA，结合生物信息学挖掘手段，研究small RNA的功能、结构和调控机制。

提供的数据分析：

1. 测序序列质量评估

2. 数据预处理及长度分布分析

3. small RNA分类注释

4. 新miRNA预测

5. miRNA碱基偏好性分析

6. miRNA表达定量分析

7. 表达相关性分析

8. miRNA差异表达分析

9. 差异miRNA靶基因预测

10. GO富集分析

11. KEGG富集分析

四、LncRNA测序

     lncRNA（long non-coding RNA）是一类长度超过200nt的ncRNA，通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。转录组测序在研究mRNA的同时，能够发现大量的lncRNA，并对其表达水平和转录本结构进行分析。当进一步开展lncRNA与mRNA的关联分析时，就可以深入研究lncRNA的调控网络。

技术优势：

1. 建库重复性好。

2. 一次性获得样本中几乎全部的LncRNA信息。

3. 预测新的LncRNA。

4. 结合已有的非编码RNA数据库进行深度数据挖掘。

五、CircRNA测序

    环状RNA（circular RNA，circRNA）是在转录过程中,通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状RNA分子。高等动物中circRNA的种类和含量远远超过预期。最近的研究发现circRNA可以作为“microRNA海绵”，即竞争性内源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），结合胞内miRNA，阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。circRNA也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外，circRNA的表达呈现出很强的组织特异性，也暗示circRNA具有重要的生物学功能。

数据分析：

1. 测序序列质量评估

2. 数据预处理

3. 基因组比对

4. circRNA预测及注释

5. circRNA分类

6. circRNA表达定量

7. circRNA差异表达分析

8. GO富集分析

9. KEGG附件分析

六、原核生物转录组测序

    原核生物的mRNA没有polyA结构，因此可采用rRNA去除的方法，采用链特异性测序同时对原核生物的mRNA和ncRNA进行高通量测序。

数据分析：

1. 测序序列质量评估

2. 数据预处理

3. 基因组比对

4. 基因表达定量分析

5. 表达相关性分析

6. 差异基因表达分析

7. GO富集分析

8. KEGG附件分析

七、16S扩增子测序

     16S rDNA 扩增子测序：16S rDNA为原核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有9个高变区域（V1-V9）和10个保守区域，其中保守区反映细菌种属间亲缘关系，高变区反映了物种间的特异性，选择通用引物进行PCR扩增，进而通过新一代测序技术对16S rDNA的单个或多个高变区进行测序，来分析环境或者临床样本中古菌或细菌的群落结构多样性。

八、宏基因组测序

    宏基因组测序是对特定环境中的整个微生物群落的基因组信息进行检测，进而研究生境中微生物的群落结构、物种分类、进化关系、基因功能及微生物与生境之间的相互作用关系的一项测序技术。宏基因组测序不依赖传统的微生物分离纯化技术，直接提取生境样本中的总DNA进行测序，为鉴定低丰度的微生物群落和获得更多新基因等提供了新的途径。