综合方法：我们采用多种分子标记的方法例如SSR/STR、AFLP、DNA条形码技术等，推测样本的物种或与已知物种的亲缘关系远近。
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
SRAP独特的引物设计使其可检测基因的可阅读框（ORF)区域，是一种无需任何序列信息即可直接PCR扩增的新型分子标记技术，它既克服了RAPD重复性差的问题，又克服了AFLP技术复杂、成本昂贵的弊端，以其易操作、成本低、可靠性好、重复性高、易测序等特点迅速被各国生物学家所接受。目前此项技术已成功应用于植物遗传图谱构建、作物遗传多样性分析、基因定位及比较基因组学等方面。
RAPD是建立于聚合酶链式反应基础上，对未知序列基因组进行多态性分析的一种分子技术。 RAPD是当前一种较常用的分子分型与溯源技术方法，其操作简便易行，无需专门设计扩增引物，为工业生产中污染菌溯源提供了一种快速、灵活、灵敏的微生物株水平分型技术方法。
ISSR又称简单重复序列间扩增，是近年来发展起来的一类新型的分子标记技术。其基本原理是在SSR的5’端或3’端加锚1-4个嘌呤或嘧啶碱基，然后以此为引物，对两侧具有反向排列SSR的一段基因组DNA序列进行扩增,具有易操作、重复性高、DNA模板用量少、多态性丰富等优点,可用来揭示样本间的遗传多样性。
